An der HSB können Prüfungsentscheidungen mit dem Rechtsbehelf des Widerspruchs angefochten werden. Über die Widersprüche entscheidet gemäß § 20 Absatz 2 des Allgemeinen Teils der Bachelorprüfungsordnungen bzw. des Allgemeinen Teils der Masterprüfungsordnungen zunächst der jeweils zuständige Prüfungsausschuss. Der Prüfungsausschuss kann abhelfen, also eine ursprünglich getroffene Entscheidung revidieren; er kann eine Abhilfe aber auch ablehnen, also die bereits getroffene Entscheidung bestätigen. Hilft der Prüfungsausschuss nicht ab, muss der Widerspruchsausschuss als zentrales Gremium in der Sache abschließend entscheiden. In diesem Rahmen stellt der Widerspruchsausschuss eine zweite – überprüfende - Instanz dar, die die gleichen Befugnisse wie ein Prüfungsausschuss hat. Nach der Entscheidung des Widerspruchsausschusses ergeht ein abschließender Bescheid, in dem nochmals die wesentlichen Entscheidungsgründe erörtert werden.
Der Widerspruchsausschuss besteht aus drei Mitgliedern der Gruppe der Professorinnen und Professoren und zwei Mitgliedern der Gruppe der Studierenden sowie ihren Stellvertretungen, die von ihren Gruppen im Akademischen Senat gewählt werden. Die Amtszeit der Mitglieder der Gruppe der Professorinnen und Professoren beträgt drei Jahre, die Amtszeit der Mitglieder der Gruppe der Studierenden beträgt ein Jahr. Der Widerspruchsausschuss tagt nach Bedarf etwa viermal jährlich, die Sitzungen dauern etwa zwei Stunden.